Cy5熒光染料:能發出熒光的染料。 在吸收紫外線或可見光后，能把短波長的光轉變為波長較長的可見光波而反射出來，呈閃亮的鮮艷色彩。例如，酸性曙紅、熒光黃、紅汞以及某些分散染料等。它們大多是含有苯環或雜環并帶有共軛雙鍵的化合物。
Cy5熒光染料可以單獨使用，也可以組合成復合熒光染料使用。其中復合熒光染料是利用熒光共振能量轉移技術合成的熒光染料，由距離非常近、能量可以在彼此間傳遞的一個供體及一個受體熒光物分子所組成。復合染料在受體分子的激發波長被激發，在供體分子的發射波長發射一個光子。熒光染料發展非常迅速，已開發的用于科研和臨床應用的熒光染料已基本覆蓋了由紫外到可見光及紅外的整個光譜范圍。
cy5熒光染料有異構化的特點。有以下四大特點：
1）其標記的抗體適用于所有配備633nm氬離子激光器的流式細胞儀；
2）FL4通道檢測；
3）小分子染料，非常適合需小分子染料的流式細胞術，熒光強度低于APC。
4）與單核和粒細胞非特異性結合多，易出現假陽性結果。
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