Cy5熒光染料常用于熒光染料產品的制備，以及增白洗衣粉中的增白劑，指示信號用的各種熒光路標漆，熒光標志服等。
Cy5熒光染料的其他用途包括: 滲漏污水系統包括水和工業的污染物、連接系統、測量發電廠排出的液體、洗手間的滲漏、非法的連接污水管監察，研究流量和繪圖，分析腐敗的系統，此外還用于纖維織物印染和某些特種標志（如暗處符號）及追蹤等。
科研應用
Cy5熒光染料，由于靈敏度高，操作方便，逐漸取代了放射性同位素作為檢測標記，其廣泛應用于熒光**，熒光探針，細胞染色等。包括特異性的DNA染色，用于染色體分析、細胞周期、細胞凋亡等相關研究。另有很多核酸染料在多色染色系統中是非常有用的復染劑，可作為背景對照，標記細胞核使細胞內結構的空間關系一目了然。
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