熒光染料在吸收紫外線或可見光后，能把短波長的光轉變為波長較長的可見光波而反射出來，呈閃亮的鮮艷色彩。泛指吸收某一波長的光波后能發射出另一波長大于吸收光的光波的物質。它們大多是含有苯環或雜環并帶有共軛雙鍵的化合物。
（一）**熒光標記常用的熒光染料
FITC（異硫氰酸熒光素）：綠色530nm
PE（藻紅蛋白）：橙黃色575nm
PerCP（多甲藻黃素葉綠素蛋白）：深紅色675nm
PI（碘化丙啶）：橙紅色620nm
488nm波長的氬離子激光激發
APC（別藻青蛋白）：紅色660nm
630nm波長的氦氖激光或紅色二極管激光激發
Cy3：激發波長488nm，*大發射波長570nm。1）其標記的抗體適用于所有配備488nm氬離子激光器的流式細胞儀；2）FL2通道檢測；3）為小分子染料，非常適合需小分子染料的流式細胞術，熒光強度低于PE。
Cy5：激發波長633/635nm，*大發射波長670nm。1）其標記的抗體適用于所有配備633nm氬離子激光器的流式細胞儀；2）FL4通道檢測；3）小分子染料，非常適合需小分子染料的流式細胞術，熒光強度低于APC。4）與單核和粒細胞非特異性結合多，易出現假陽性結果。
?。ǘ?*熒光標記
常用的標記染色為直接**熒光染色和間接**熒光染色。在進行雙參數或多參數分析時，常常需要進行熒光抗體的組合標記，目前已經有雙色、三色以及四色標記。
?。ㄈ┘毎园l熒光
自發熒光信號為噪聲信號，在多數情況下會干擾對特異熒光信號的分辨和測量。在**細胞化學等測量中，對于結合水平不高的熒光抗體來說，如何提高信噪比是個關鍵。一般說來，細胞成分中能夠產生自發熒光的分子（例如核黃素、細胞色素等）的含量越高，自發熒光越強；培養細胞中死細胞／活細胞比例越高，自發熒光越強；細胞樣品中所含亮細胞的比例越高，自發熒光越強。